AI바라기의 인공지능

[Study Note: ProTDyn: A Foundation Protein Language Model for Thermodynamics and Dynamics Generation]TerminologyConformational Ensemble: 단백질이 평형 상태(equilibrium)에서 가질 수 있는 다양한 구조적 상태들의 집합.Molecular Dynamics (MD) Simulation: 원자 수준에서 시간에 따른 분자의 움직임을 계산하여 단백질의 구조 변화를 예측하는 물리적 시뮬레이션 방식.Thermodynamics: 단백질의 평형 구조 분포(equilibrium distribution)를 다루는 영역.Dynamics: 단백질 구조가 한 상태에서 다른 상태로 변하는 시간적 전이 과정(transi..

0. 먼저 한 줄 정의MSA는 “서로 비슷한 단백질 서열들을 여러 개 모아서, 진화적으로 같은 위치끼리 줄 맞춰 놓은 것”입니다.여기서 핵심은 그냥 줄을 예쁘게 맞추는 게 아니라, “같은 역할을 하는 자리끼리 비교하려는 것”입니다.1. 왜 이런 게 필요하냐: 단백질 서열은 조금씩 달라도 구조와 기능은 비슷할 수 있음단백질은 아미노산 서열로 이루어져 있습니다.예를 들어 아주 짧게 쓰면: 단백질 A: MKTWAIL단백질 B: MKTWVIL단백질 C: MKTFAIL이런 식으로 생길 수 있습니다.겉보기엔 조금씩 다르지만, 이 셋이 사실은 비슷한 조상에서 나온 비슷한 단백질일 수 있습니다. 즉,어떤 위치는 진화하면서 바뀌어도 괜찮고어떤 위치는 바뀌면 단백질이 망가지기 때문에 잘 안 바뀝니다.그래서 여러 종에서 온..